根據醫院的規模、性質和處理污水排放去向，進行工藝選擇。根據醫院分類，分為傳染病醫院和綜合醫院。醫院污水處理后排放去向分為排入自然水體和通過市政下水道排入城市污水處理廠兩類。醫院污水處理所用工藝必須確保處理出水達標，主要采用的三種工藝有：加強處理效果的一級處理、二級處理和簡易生化處理。
鄉鎮衛生院污水處理設備在開機前做如下檢查工作：檢查污水處理一體化設備的風機油位是否正常，轉動是否靈活，地腳螺栓有無松動，開機前須將潤滑油加至標準油位，地腳螺栓須緊固，用手轉動風機應無沉重感及異常響動，風機轉動方向須與運行方向一致。
鄉鎮衛生院污水處理設備原則：
1.全過程控制原則。對醫院污水產生、處理、排放的全過程進行控制。
2.減量化原則。嚴格醫院內部衛生安全管理體系，在污水和污物發生源處進行嚴格控制和分離，醫院內生活污水與病區污水分別收集，即源頭控制、清污分流。嚴禁將醫院的污水和污物隨意棄置排入下水道。
3.就地處理原則。為防止醫院污水輸送過程中的污染與危害，在醫院必須就地處理。
4.分類指導原則。根據醫院性質、規模、污水排放去向和地區差異對醫院污水處理進行分類指導。
5.達標與風險控制相結合原則。考慮綜合性醫院和傳染病醫院污水達標排放的基本要求，同時加強風險控制意識，從工藝技術、工程建設和監督管理等方面提高應對突發性事件的能力。
6.生態安全原則。有效去除污水中有毒有害物質，減少處理過程中消毒副產物產生和控制出水中過高余氯，保護生態環境安全。
