無集中式污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。常用消毒劑有二氧化氯、漂白粉、液氯、次氯酸鈉、臭氧。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒（常用熟石灰消毒）或高溫堆肥后方可用作肥料。
醫務室污水處理設備運行穩定，處理效率高；不受污水量的，機動靈活，可單個使用，也可多個聯合使用，為后期改擴建標準提升，提供方便；厭氧的時間增加，提高了色度的去除率，同時提高了污水的可生化性，利于后續的好氧處理；可根據現場的情況，采用地上地埋及半地埋的放置方式。
醫務室污水處理設備工藝選擇原則：
1、傳染病醫院必須采用二級處理，并需進行預消毒處理。
2、處理出水排入自然水體的縣及縣以上醫院必須采用二級處理。
3、處理出水排入城市下水道(下游設有二級污水處理廠)的綜合醫院推薦采用二級處理，對采用一級處理工藝的必須加強處理效果。
4、對于經濟不發達地區的小型綜合醫院，條件不具備時可采用簡易生化處理作為過渡處理措施，之后逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理。
不同處理工藝的應用情況考慮到以上原則，本方案設計的醫院污水處理工藝流程進行比較，隨著污水處理技術不斷地發展，近年開發的在國內外普遍應用的工藝有：
1、加強處理效果的一級處理工藝 。2、二級處理工藝
